Borgo San Giovanni sorge nella bassa pianura lombarda, a 77 metri sul livello del mare, in un paesaggio di campi aperti e filari di pioppi. Il territorio, pianeggiante e ordinato, è solcato da canali irrigui che testimoniano una secolare vocazione agricola. Con una densità di 326 abitanti per km², il paese mantiene un carattere rurale e raccolto, lontano dal caos metropolitano ma ben collegato con Lodi e Milano.
L'economia locale si fonda sull'agricoltura e su piccole imprese artigianali. Il reddito medio annuo si attesta sui 24 548 euro, mentre il prezzo delle case, 1 050 euro al metro quadro, riflette un mercato accessibile. La copertura FTTH raggiunge il 65% delle abitazioni. Il territorio rientra nell'area di produzione del Grana Padano DOP e del Gorgonzola DOP, due eccellenze che raccontano la ricchezza della pianura lodigiana.
Il clima è continentale, con temperature medie di 12,4 °C e precipitazioni annue di 1 084 mm. Nonostante l'alto rischio idrogeologico e un consumo di suolo del 20,4%, il paese conserva 8 monumenti, tra cui la chiesa parrocchiale e alcuni cascinali storici. L'età media di 42,5 anni e un indice di vecchiaia di 133 delineano una comunità matura, ma saldamente ancorata alle proprie radici.
