Malegno sorge a 364 metri d'altitudine su un colle della Val Camonica, tra il fiume Oglio e i primi rilievi del Parco dell'Adamello. Il territorio, con una superficie di soli 6,9 km², è segnato da vette come il Monte Manede (1149 m) e il Colle dell'Oca (1097 m), e da una sorgente che alimenta i boschi circostanti. Con 279 abitanti per km², il paese mantiene una densità contenuta, mentre l'indice di vecchiaia di 270 e l'età media di 48,6 anni raccontano un progressivo invecchiamento.
L'economia locale si basa su piccole imprese e servizi, con un reddito medio di 22.680 € e una pressione fiscale del 16%. Il mercato immobiliare è accessibile: 952 €/m². Il territorio rientra nell'area di produzione di formaggi DOP come il Bitto e il Formai de Mut dell'Alta Valle Brembana, e di vini come la Franciacorta DOCG e il Lugana DOC. La copertura FTTH raggiunge il 68% delle abitazioni.
Il patrimonio include 6 monumenti e un museo, mentre il rischio idrogeologico è molto alto e il suolo consumato è limitato all'8,1%. Nei dintorni, Bienno (Borgo più bello d'Italia) e la chiesa di Sant'Antonio arricchiscono l'offerta culturale.