Perdaxius sorge in una piana dolcemente ondulata, a 98 metri d'altitudine, dominata a nord dalla Punta Su Benazzu (347 m) e dal Monte Narcao. Il paesaggio è quello tipico della pianura del Sulcis, tra campi coltivati e macchia mediterranea, a soli 12 chilometri dal mare. Con una superficie di 29,5 km² e una densità di 43 ab/km², il centro mantiene un carattere raccolto e rurale.
L'economia locale si basa sull'agricoltura e sui servizi, con un reddito medio di 15.473 € e prezzi immobiliari accessibili (525 €/m²). Il territorio rientra nell'area di produzione del Cannonau di Sardegna DOC e del Vermentino di Sardegna DOC, oltre a essere vicino alla tradizione del Fiore Sardo DOP e del Pecorino Sardo DOP. La copertura FTTH raggiunge il 56% delle abitazioni.
Il clima è mediterraneo, con temperature medie di 15,7 °C e precipitazioni annue di 555 mm. Il rischio idrogeologico è basso e il suolo consumato è solo il 2,8%. Il borgo vanta 20 monumenti e un indice di vecchiaia elevato (376), segno di una comunità che guarda al futuro con cautela.