Adagiata nella pianura lombarda a 154 metri sul livello del mare, Pregnana Milanese si distingue per la sua conformazione totalmente pianeggiante, tipica dell'Altomilanese. Il territorio, con una superficie di soli 5,1 km², ospita una popolazione di 7.331 abitanti, con una densità di 1.446 ab/km² che ne fa un centro densamente popolato. L'elemento naturale più caratteristico è la Cascata, che dà il nome a una località del paese, mentre la vicinanza a Milano (circa 124 km dalla costa) ne determina il forte pendolarismo.
L'economia locale si basa su un mix di servizi e piccola industria, con un reddito medio di 27.568 € e un prezzo medio delle case di 1.738 €/m², segno di un mercato immobiliare vivace. La copertura FTTH raggiunge l'84% delle abitazioni, offrendo connettività avanzata. Il territorio rientra nell'area di produzione di formaggi DOP come Gorgonzola e Grana Padano, nonché di altri prodotti lombardi come il Bitto e il Mais Spinoso di Gandino.
Il clima è continentale, con temperatura media di 12,4 °C e precipitazioni annue di 1.084 mm. L'indice di vecchiaia elevato (180) e il saldo naturale negativo (-16) indicano una popolazione anziana. Il rischio idrogeologico è classificato come alto, mentre il suolo consumato al 48,1% evidenzia una forte antropizzazione. Il patrimonio monumentale conta 15 beni, e nelle vicinanze si trovano siti UNESCO come Milano e Capriate San Gervasio.
