San Giovanni Ilarione sorge a 194 metri d'altitudine sul confine tra la pianura veronese e i primi contrafforti dei Monti Lessini. Il territorio, che si estende per 25,4 km², è dominato dai rilievi del Monte Serea (606 m) e del Monte Merlo (525 m), dove si aprono grotte di origine carsica come la Tana del Monte Birone. Con una densità di 191 abitanti per km², il paese offre un paesaggio collinare ricco di punti panoramici come il Belvedere, a breve distanza dal capoluogo scaligero.
L'economia locale si basa su agricoltura e piccole imprese, con un reddito medio di 21 160 € e un prezzo immobiliare di 955 €/m². La copertura FTTH raggiunge il 67% delle abitazioni, mentre la pressione fiscale si attesta al 15,3%.
Il clima temperato (13,0 °C di media) e le precipitazioni abbondanti (1 161 mm annui) favoriscono la vegetazione rigogliosa. Tra i due monumenti del paese spicca il patronato di Santa Caterina d'Alessandria, mentre la vicinanza ai siti UNESCO di Verona e Vicenza arricchisce l'offerta culturale del territorio.