San Marco la Catola sorge sui rilievi dei Monti della Daunia, a 686 metri sul livello del mare, in una zona classificata come montagna. Il suo territorio, esteso per 28,6 km², è caratterizzato da un paesaggio collinare e boscoso, con un punto panoramico, il Belvedere, che offre una vista ampia sulle valli. Il borgo dista 53 km dalla costa adriatica e conta appena 810 abitanti, con una densità di 28 ab/km², segno di un insediamento sparso e legato alla natura.
L'economia locale si basa sull'agricoltura e sull'artigianato, con un reddito medio di 14.491 € e un prezzo degli immobili di 375 €/m². Il territorio rientra nell'area di produzione del Caciocavallo Silano DOP, del Canestrato Pugliese DOP e del Dauno DOP, oltre ad altre denominazioni regionali. La copertura FTTH raggiunge il 43% delle abitazioni, mentre la pressione fiscale si attesta al 14,1%.
Il clima è temperato, con una media di 16,2 °C e precipitazioni annue di 478 mm. Il borgo conserva 8 monumenti e un patrimonio storico legato alla sua origine medievale. Tuttavia, il rischio idrogeologico è molto alto e il suolo consumato è solo il 2,7%, a testimonianza di un ambiente ancora integro. L'età media è di 50,1 anni e l'indice di vecchiaia di 381, con un saldo naturale negativo di -10 unità.