San Zeno Naviglio sorge sulla pianura lombarda, a 112 metri sul livello del mare, in un paesaggio agricolo e produttivo punteggiato da sorgenti come Duferdofin 1 e Duferdofin 2. Distante 148 km dal mare, il comune gravita sull'area bresciana e conta 4.733 residenti, con una densità di 757 ab/km² che testimonia la sua vocazione urbana.
L'economia locale è solida: il reddito medio annuo è di 27.130 € e il prezzo medio delle case si attesta a 1.455 €/m². Il territorio rientra nell'area di denominazioni di prestigio come Franciacorta DOCG, Lugana DOC e Grana Padano DOP; la copertura FTTH raggiunge il 72% delle abitazioni, segno di una buona connettività.
Il clima temperato, con una media di 13,2 °C e 1.058 mm di piogge annue, favorisce l'agricoltura, mentre il rischio idrogeologico medio e il suolo consumato al 35,2% richiedono attenzione. Tra i monumenti spicca la chiesa di San Michele Arcangelo, e l'età media di 45,5 anni e l'indice di vecchiaia di 194 delineano una comunità matura ma dinamica.