Sant'Agata di Puglia sorge sulla vetta del Monte (709 m) e del Monte Serbaroli (811 m), nel cuore dei Monti della Daunia, a 73 km dal mare. Il paesaggio è quello di una montagna aspra e solitaria, con un solo sentiero escursionistico censito e panorami che spaziano dal Gargano alla Majella. La Cascata, il Belvedere e l'isolamento geografico definiscono un territorio di appena 116 km², abitato da 1.737 persone con una densità di 15 ab/km².
L'economia ruota attorno all'agricoltura, con l'Uva di Puglia IGP e il Puglia IGT a portare il nome del comune, mentre la zona rientra nell'area di produzione del Caciocavallo Silano DOP e del Canestrato Pugliese DOP. Il reddito medio è di 16.853 €, il prezzo degli immobili è basso (625 €/m²) e la copertura FTTH raggiunge il 34% delle abitazioni. La pressione fiscale locale è del 15%, inferiore alla media nazionale.
L'indice di vecchiaia è alto (270) e il saldo naturale negativo (-20). Nonostante ciò, il borgo vanta 3 monumenti e un museo, e fa parte del circuito Cittaslow, puntando su qualità della vita e tradizioni.