Santa Marina Salina sorge su una stretta fascia costiera ai piedi del Monte Fossa delle Felci (961 m) e del Monte Rivi (852 m), le due vette più alte dell'arcipelago. Il centro abitato si sviluppa lungo il porto e sulle pendici collinari, offrendo panorami sul mare e sulla vicina Lipari. Con una superficie di 8,8 km² e una densità di 100 abitanti per km², il paese mantiene un equilibrio tra vita isolana e accessibilità.
L'economia locale si basa su turismo, agricoltura e piccola pesca. Il reddito medio annuo è di 22.209 euro, mentre il prezzo degli immobili si attesta a 2.519 euro al metro quadro.
Il clima è mediterraneo, con una temperatura media di 18,9 °C e precipitazioni annue di 645 mm. Il suolo consumato è limitato al 5,4%.