Tovo di Sant'Agata si adagia su un colle della media Valtellina, a 531 metri sul livello del mare, lontano 183 chilometri dalla costa. Il suo territorio, prevalentemente collinare, si estende per 11,2 chilometri quadrati con una densità di 55 abitanti per km². Tra le vette che lo circondano spiccano il Motto Alto (2259 m) e il Motto della Scala (2334 m), mentre il Belvedere offre un ampio panorama sulla valle.
L'economia locale si basa su agricoltura e piccole imprese: il reddito medio annuo si attesta a 23.104 euro, con un prezzo medio delle case di 935 euro al metro quadrato. La copertura FTTH raggiunge il 58% delle abitazioni.
Il clima, con una temperatura media di -5,4 °C e 932 millimetri di precipitazioni annue, caratterizza l'inverno rigido. L'indice di vecchiaia è alto (190) e l'età media di 46,2 anni riflette una popolazione matura. Tra i tre monumenti del paese, spicca la chiesa di Sant'Antonio, mentre il sentiero escursionistico unico invita a esplorare le alture circostanti.