Vernate si adagia sulla pianura lombarda, a 108 metri sul livello del mare e a 102 km dalla costa. Il suo paesaggio è segnato dalla presenza di fontanili come il Fontanile Torradello e il Fontanile Rognana, che alimentano una rete di rogge e risorgive tipica della bassa milanese. Con una superficie di 14,7 km² e una densità abitativa di 234 abitanti per km², il paese conserva un’impronta rurale nonostante la vicinanza al capoluogo lombardo.
L’economia locale si basa su attività agricole e servizi, con un reddito medio pro capite di 27 102 € e un prezzo medio degli immobili di 1 320 €/m². La copertura FTTH raggiunge il 77% delle abitazioni, garantendo una buona connettività.
Il clima è continentale temperato, con una temperatura media di 12,4 °C e precipitazioni annue di 1 084 mm. Il patrimonio monumentale conta 23 elementi, tra cui la chiesa parrocchiale dedicata a Sant’Eufemia. L’età media di 45,5 anni e l’indice di vecchiaia di 177 riflettono una popolazione matura, con un saldo naturale leggermente negativo (-4).