Villa San Giovanni in Tuscia sorge su una collina tufacea a 329 metri d'altitudine, a 31 km dal Mar Tirreno. Il borgo domina un paesaggio di morbide alture, con la vetta di Poggio Aguzzo (406 m) e la sorgente del Fontanile della Scuffiaccia. Con una superficie di soli 5,3 km² e una densità di 230 ab/km², il centro conta 1.212 residenti e un'età media di 50,7 anni.
Il reddito medio si attesta a 21.615 €, con una pressione fiscale del 16,6%.
Il clima è temperato (14,5 °C medi, 1.031 mm di pioggia annui) Il suolo consumato è limitato al 9,5%. Il patrimonio monumentale conta un solo edificio storico, mentre nei dintorni spiccano i siti UNESCO di Tarquinia e Cerveteri. L'indice di vecchiaia elevato (337) e il saldo naturale negativo (-3) segnano una demografia in contrazione.