San Giovanni al Natisone sorge nella pianura friulana, a 66 metri sul livello del mare e a 35 chilometri dalla costa adriatica. Il territorio, con una superficie di 24,1 km² e una densità di 249 abitanti per km², è caratterizzato da un paesaggio agricolo che si fonde con le prime ondulazioni dei Colli Orientali del Friuli, area vitivinicola di fama. La popolazione ammonta a 5.995 residenti, con un'età media elevata di 47,8 anni e un indice di vecchiaia di 258.
L'economia locale si basa su agricoltura e piccola industria, con un reddito medio di 24.071 euro e un prezzo immobiliare di 792 €/m². La pressione fiscale è del 16,5%.
Il clima è temperato, con una media di 14,7 °C e precipitazioni annue di 1.252 mm. Il patrimonio culturale conta 4 monumenti e un museo; nelle vicinanze si trovano il sito UNESCO di Aquileia e il borgo di Trivignano Udinese. Il primo partito alle Europee 2024 è stato Fratelli d'Italia con il 38,4%.