San Giovanni Gemini sorge a 670 metri d'altitudine, in una zona di montagna che domina le vallate dei Sicani. Il territorio, con una superficie di 26,6 km² e una densità di 278 ab/km², è caratterizzato da rilievi come Cozzo di Minnicuca (779 m) e Rocca del Vruaro (496 m). Lontano 57 km dalla costa, il paese gode di un clima mediterraneo di altitudine, con temperature medie di 17,6 °C e precipitazioni annue di 471 mm.
L'economia locale si basa su agricoltura e servizi, con un reddito medio di 17.125 € e una pressione fiscale del 15,1%. Il mercato immobiliare è accessibile, con prezzi medi di 549 €/m². La connettività è buona: l'80% delle abitazioni è coperto da FTTH. Il territorio rientra nell'area di produzione di Sicilia DOC, Arancia di Ribera DOP e Mandorla di Avola DOP, testimoni di una tradizione agricola legata agli agrumi e alla frutta secca.
Nonostante un rischio idrogeologico molto alto, il paese ha un suolo consumato solo all'8,8% e conserva un patrimonio monumentale. L'età media è di 46,5 anni e l'indice di vecchiaia di 231, segno di una comunità matura. A meno di 60 km si trovano il sito UNESCO di Agrigento e il borgo di Sutera, inserito tra i Borghi più belli d'Italia.
