Santo Stefano Quisquina sorge su un rilievo montano a 726 metri d'altitudine, a 46 km dalla costa, in una zona classificata come montagna. Il territorio si estende per 85,5 km² con una densità di 45 ab/km² e abbraccia vette come Cozzo Minavento (989 m) e Castelluzzo (1010 m). Il paesaggio è segnato da boschi, grotte (come la Grotta Stagnataro) e dal Belvedere, punti panoramici che offrono viste sulla campagna circostante.
L'economia locale si basa su agricoltura e servizi; il reddito medio è di 16.375 € e il prezzo delle case si attesta a 360 €/m².
Il clima è mediterraneo con temperatura media di 17,6 °C e precipitazioni annue di 471 mm. Il suolo consumato è solo il 2,8%. Il patrimonio monumentale conta 6 edifici storici, tra cui chiese e palazzi. Con un'età media di 51,0 anni e un indice di vecchiaia di 409, il paese riflette una comunità matura, legata alle tradizioni e alla natura.