San Giovanni in Croce si estende su una superficie di 16,2 km² nella bassa pianura lombarda, a 28 metri di altitudine. Il paesaggio, interamente piatto e dedicato all'agricoltura, è segnato da campi coltivati e filari di pioppi. Con 1.915 abitanti e una densità di 118 ab/km², il paese mantiene un carattere rurale e raccolto, lontano dal mare di 117 km.
L'economia locale si basa sull'agricoltura e sulle attività di servizio, con un reddito medio di 24.952 € e una pressione fiscale del 17,3%. Il mercato immobiliare è accessibile: 562 €/m². La copertura FTTH raggiunge il 70% delle abitazioni. Il territorio rientra nell'area di produzione di Grana Padano DOP e Gorgonzola DOP, formaggi che rappresentano l'eccellenza casearia della zona.
L'indice di vecchiaia è alto (171) e il saldo naturale negativo (-10). Il rischio idrogeologico è elevato e il suolo consumato è al 10,7%. Tra i tre monumenti del borgo spicca la Chiesa di San Giovanni Battista, mentre a breve distanza si trovano i siti UNESCO di Sabbioneta e Mantova.