Santo Stefano Lodigiano sorge nella bassa pianura lodigiana, a 48 metri sul livello del mare, in un paesaggio di campi coltivati e rogge che solcano il terreno argilloso. Con una superficie di 10,5 km² e una densità di 176 ab/km², il paese si estende in un territorio agricolo che gravita sul sistema locale del lavoro di Lodi.
L'economia locale si basa sull'agricoltura e su attività di piccola impresa, con un reddito medio di 24.874 € e una pressione fiscale del 17,6%. Il prezzo medio degli immobili è di 829 €/m², mentre la copertura FTTH raggiunge il 64%.
Il clima è continentale, con una temperatura media di 12,4 °C e precipitazioni annue di 1.084 mm. Il patrimonio storico conta 23 monumenti e un museo, mentre il suolo consumato è pari all'11,2%.